Archivos .php~

Dependiendo del IDE (o lo que sea) que usemos para programar es posible que él mismo se encargue de hacer copias de seguridad de forma automática cada X tiempo. Algunos tienen la mala costumbre de renombrar los archivos que estamos editando y agregarle el siempre molesto "~" a la extensión, con lo que un config.php pasaría a ser config.php~ y ya la hemos liado.

¿Por qué?, básicamente porque -por defecto- Apache no tiene capacidad de procesar los archivos .php~ con lo que su comportamiento -por defecto- es enseñar el código fuente de dicho archivo. Una de las posibles soluciones:
<FilesMatch ".php~">
        Order allow,deny
        Deny from all
</FilesMatch>
  Hecho ésto en el VirtualHost correspondiente obtendremos un bonito Forbidden (403) indicando al presunto malhechor que el archivo existe pero, en cierto modo, nos hemos preocupado de corregirlo.